Las lesiones de la eritroplasia de Queyrat aumentan lentamente de tamaño a lo largo de varios años. En un 33% de los casos las lesiones se pueden transformar en carcinomas espinocelulares, y una vez que dicha transformación ha tenido lugar el cáncer puede invadir los ganglios linfáticos adyacentes o producir metástasis más alejadas.

La circuncisión precoz y unas buenas prácticas de higiene reducen la incidencia de esta condición

Los tratamientos para la eritroplasia de Queyrat son similares a los de la enfermedad de Bowen, aunque en este caso la cirugía micrográfica de Mohs es el método quirúrgico de elección por razones estéticas y de preservación de la función del pene.