En muy raras ocasiones, se observa liquen escleroso y atrófico afectando áreas extragenotales. Se han comunicado casos en el tronco, cuello, muñecas, frente y cara. Todavía mas raras veces se ha descrito afectación de las mucosa orales o del cuero cabeludo. Aunque las lesiones extragenitales no parecen estar asociadas al desarrollo de carcinomas, se deben tratar para eliviar los síntomas y prevenir la progresión de la enfermedad y el desarrollo de cicatrices

En el caso de los liquenes esclerosos extragenitales, el clobetasol con o sin oclusión, es el trataminto de primera elección. También se han descrito buenos resultados con la acitretina por vía oral