Se han descrito dos tipo de acné neonatal. El más frecuente ocurre sólo en varones y se inicia dentro de los tres primeros meses de vida. Se debe al paso transplacentario de andrógenos o sustancias estimuladoras de la producción de andrógenos, procedentes de la madre y que desencadenan las lesiones acneicas en el niño.
El segundo tipo es más tardío y es denominado por algunos acné infantil. Se inicia entre los tres meses y los dos años de vida y puede verse tanto en niños como en niñas. No se sabe con certeza su origen: podría deberse a cosméticos, medicamentos o sustancias ingeridas con la leche materna o la alimentación artificial.

Recientes estudios sugieren que la pustulosis neonatal cefálica, una condición que a veces se confunde con el acné neonatal, podría deberse a una reacción inflamatoria